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Investigadores del Instituto de Salud Carlos III han conseguido el primer borrador de la secuencia completa del virus causante de la viruela del mono, a partir de las muestras de 23 pacientes. Lo ha logrado un equipo del Laboratorio de Arbovirus y de las Unidades de Genómica y Bioinformática de este Instituto -dependiente del Ministerio de Ciencia e Innovación-, lo que permitirá hacer análisis más avanzados para obtener datos sobre su comportamiento y comprender mejor su origen, circulación y difusión.
La secuenciación completa ha confirmado que el virus de la viruela símica del brote que se está produciendo en España pertenece a un grupo fitogenético de África occidental, que es el de menor virulencia entre los conocidos y el que se ha identificado por el momento en la mayoría de los países fuera de África implicados en este brote.
La secuenciación ha alcanzado una cobertura del cien por cien de los 190.000 pares de bases del genoma de este virus, lo cual abre la posibilidad a estudios filogenéticos más avanzados. Se trata de una de las secuencias más completas obtenidas hasta el momento, y se ha basado en una tecnología genómica de nueva generación mapeada contra genoma de referencia, a lo que se ha sumado un análisis complementario de las muestras mediante una técnica conocida como «ensamblaje de novo».
Las secuencias en crudo se terminaron de obtener el pasado lunes por la noche y el análisis de computación se ha realizado en las últimas 36 horas. Los resultados señalan que las muestras secuenciadas parecen pertenecer al mismo brote detectado en otros países europeos, ya que los genomas obtenidos apenas difieren de los ya secuenciados en otros países.
Clado de África Occidental
En concreto, el análisis realizado en el ISCIII concluye que hay menos de 5 SNP (secuencias genéticas denominadas cambios de nucleótidos sencillos) de diferencia respecto a la secuenciación llevada a cabo en Alemania. La secuenciación confirma que el virus de la viruela de los monos del brote que se está produciendo en España es del clado de África Occidental, que es el de menor virulencia entre los conocidos y el que se ha identificado por el momento en la mayoría de los países fuera de África implicados en este brote.
Los clados son grupos filogenéticos que definen la evolución biológica de un organismo, que explican cómo actúa y se comporta, y en ellos se pueden observan las diferencias genéticas de los virus circulantes. Tras obtener la secuencia completa del virus, varios equipos de investigadores del ISCIII están llevando a cabo análisis filogenéticos para conocer la relación entre las muestras españolas y las de otros países.
La información obtenida se enfrentará a las ya conocidas y depositadas en bases de datos internacionales para evaluar el grado de identidad y, en su caso, la localización de las diferencias que pudieran existir entre la secuencia española y los demás datos internacionales. Todo ello permitirá realizar los estudios de trazabilidad del brote, así como identificar potencialmente su origen.
